CT'yi koruma rölesine bağlamak, ölçüm uygulamalarından birkaç önemli açıdan farklılık gösterir. Koruma röleleri, birincil akımların nominal değerin birçok katı olabileceği arıza koşullarında doğrusal olarak çalışacak şekilde tasarlanmış özel doğruluk sınıflarına sahip CT'leri gerektirir. Uygun yön ve diferansiyel koruma çalışmasını sağlamak için CT sekonderinin rölenin akım giriş terminallerine doğru polariteyle bağlanması gerekir.
İkincil bağlantılar S1 ve S2 devre şemasında- sırasıyla k ve l ile işaretlenmiş röle terminallerine bağlanmalıdır. Diferansiyel koruma şemaları için kutup hizalaması kritik öneme sahiptir. Korunan ekipmanın her iki yanından giren akımlar yönlerine göre dikkate alınmalıdır. Gerçek çalışmada bir arıza meydana geldiğinde, rölenin dahili arızalar ile doğrudan arızalar arasında ayrım yapabilmesi gerekir ve bu ayrım tamamen doğru CT polaritesine ve bağlantısına bağlıdır.
Transformatör diferansiyel korumasında CT'lerin bağlantısı, güç transformatörünün sargı konfigürasyonunun neden olduğu faz kaymasını hesaba katmalıdır. Birincil transformatör sargısı delta-bağlıysa, birincil CT'ler genellikle yıldız olarak bağlanır; ikincil transformatör sargısı yıldız-bağlıysa, ikincil CT'ler üçgen olarak bağlanır. Bu, 30 derecelik faz kaymasını telafi eder ve röleye giren akımların normal koşullar altında aynı fazda olmasını sağlar. Daha karmaşık durumlarda, gerekli oranı ve faz düzeltmesini elde etmek için harici ara akım transformatörleri (ICT'ler) kullanılabilir.
Topraklama arızası koruma şemaları ayrıca belirli CT bağlantılarına da dayanır. Doğrudan geçiş, 50/5 veya 10/1 gibi bir orana sahip bir CT kullanarak topraklanmış-faz koruması sağlayabilir. Denge akısı aktarımı, akımların toplamının normalde sıfır olması gereken, üç faz iletkeninin çevresine takılan halka-tipi CT'yi kullanarak topraklı-faz akımını algılar. Artık açma rölesi, üç fazlı CT'lerden türetilen artık akımı kullanır.
Koruma şemasından bağımsız olarak aynı temel güvenlik kuralları geçerlidir: Primer akım akarken CT sekonderi asla açık bırakılmamalı ve sekonder devre bir noktada topraklanmalıdır. Kablolamadan önce CT sekonderinin enerjisi, bir kısa devre bloğu yoluyla kısa devre yapılarak-kesilmelidir. Tüm harici akım trafosu sekonder sargıları topraklama veriyoluna topraklanmalıdır ve primer akım akarken CT sekonder sargıları hiçbir durumda açık bırakılmamalı-devrede bırakılmamalıdır. Kurulumdan sonra, yük altında rölenin ölçülen akımlarını gözlemleyerek veya devreye alma sırasında bir faz-açı ölçer kullanarak polariteyi doğrulayın.